Si parpadea la f (y que alguien me corrija) es porque no puede establecer la exposición correcta.
Dicho llanamente, que si te parpadea la f y haces una foto te saldrá demasiado clara o demasiado oscura (depende de si parpadea en f22 ó en f2'8, respectivamente).

AF: auto focus. Enfoque automático.
AE: auto exposición. Es lo que le hace a tu cámara decidir cuál es la exposición correcta y que se ajuste de forma automática (en automático, prioridad a la apertura o prioridad a la velocidad). La exposición es la cantidad de luz que tiene que llegar al sensor para que la foto salga correctamente expuesta, esta cantidad siempre es la misma, lo que varía es la forma de conseguirla. A más luz, más pequeño estará estará el diafragma o más rápida será la exposición.

Puedes configurar el botón AFL/AEL para que bloquee el enfoque (AFL) y no varíe este cada vez que aprietes el botón del obturador.
O puedes configurar el botón AFL/AEL para que bloquee la exposición (AEL), permitiéndote que no cambie la apertura y la velocidad de obturación aunque enfoques a otro objeto.
grosso modo

¿Para qué sirve el AFL y el AEL? Bueno... tal vez deberías leer algún tutorial de fotografía o algún libro

De momento con esto te vale, ¿no?

Si estás en modo A, tienes varias opciones:
a) Tirar de flash.
b) Subir ISO.
c) Cambiar de modo, para ir aprendiendo sería recomendable el Modo M, muy útil para aprender como ajustar todos los valores (principalmente Apertura y exposición). De todas formas en ese modo puedes poner la misma apertura y bajar aún más la velocidad (imprescindible trípode).